Если это не филиал или представительство, то постановку на учет по местонахождению подразделения инспекция осуществляет на основании поданного компанией сообщения. Подать его надо даже в том случае, если подразделение создано на территории, подведомственной той же налоговой, в которой на учете состоит сама компания. Такой вывод следует из письма Минфина России от 17.04.13 № 03-02-07/1/12946
Идеальный образец сообщения об открытии обособленного подразделения и рекомендации по его составлению есть на сайте www.gazeta-unp.ru.